Kovid'deki mutasyonlar hastal��� �iddetlendirmiyor ama PCR sonu�lar�n� etkiliyor

�stanbul Medeniyet �niversitesi (�M�) B�LTAM Laboratuvar� ve T�B�TAK-MAM Gen M�hendisli�i Enstit�s�'nden 7 bilim insan�n�n yakla��k 2 ay s�ren �al��mas� sonucu, �stanbul'daki hastalardan al�nan Kovid-19 vir�s�n�n genetik haritas� ��kar�ld�. �M� T�p Fak�ltesi ��retim �yesi ve Rekt�r Yard�mc�s� Prof. Dr. Sadrettin Pen�e'nin y�r�tt��� �al��ma, vir�s�n genom mutasyonlar�n�n izlenmesi, mutasyonlara kar�� tan� testlerinin performans�n�n revize edilmesi ve a�� ya da ila� geli�tirilmesi gibi konulara ���k tutacak. �al��man�n ilk sonu�lar�na g�re �stanbul'daki hastalardan izole edilerek genetik haritas� ��kar�lan vir�s, Avrupa kaynakl�. Prof. Dr. Pen�e, "�al��ma Mart ay�nda ba�lad�. Ge�ti�imiz ay ilk a�amas�n� tamamlad�k. 4 hastadan ald���m�z vir�s�n genetik dizilemesini yaparak National Center for Biotechnology Information (NCBI) gen bankas�na y�kledik. Salg�n ba�lad���ndan beri t�m d�nyadan sonu�lar y�kleniyor ve kar��l�kl� bilgi al��veri�inde bulunuluyor. �lkeleraras� mutasyon fark� olup olmad��� tespit ediliyor. �imdiye dek y�klenmi� t�m gen haritalar� ile �lkemizdeki Koronavir�s'� kar��la�t�rd�k ve vir�slerin Avrupa k�kenli oldu�unu bulduk" dedi.

"�RET�LECEK PCR TESTLR� BUNA G�RE REV�ZE ED�LMEL�"

Prof. Dr. Pen�e, �stanbul'daki hastalardan elde edilen vir�slerdeki mutasyonun, hastal�k yapma �iddetine herhangi bir etkisinin olmad���n� anlatarak "Bu fark �u a��dan �nemli. �retilecek yeni PCR testleri bu mutasyonlara g�re revize edilmeli. Aksi taktirde yalanc� negatif sonu�lar�n �n�ne ge�emeyiz ve bu da zincir �eklinde tedaviyi, hatta filyasyonu, dolay�s�yla salg�nla m�cadeleyi olumsuz etkileyebilir. Ayr�ca, sadece �lke ya da b�lgeler aras� de�il; �ehirleraras� bile vir�s farkl�l�k g�sterebiliyor. �rne�in �stanbul'daki vir�s ile Kayseri'de de bir �al��ma var; oradaki vir�s ayn� de�il. �rne�in Van'da da muhtemelen farkl� bir mutasyon dizisi olacakt�r. Bizim bununla ilgili de bir proje �al��mam�z var yine T�B�TAK ile birlikte. B�t�n T�rkiye'yi kapsayan bir Koronavir�s genom haritas� ��karaca��z" diye konu�tu.

"MUTASYON 'N' GEN�NDE, BU GEN� KULLANAN TESTLER YANLI� SONU� VER�R"

Prof. Dr. Pen�e, �"Zaten �u anda binlerce mutasyon var. Bunun fonksiyonel analizini yapmak gerekiyor. Bu da hastal���n �iddetinde herhangi bir de�i�ikli�e neden olup olmad���n� tespit etmek anlam�na geliyor. Vir�s genomundaki bu farkl� dizilim hastal���n klini�ini etkilemese de bu dizilimi kullanan tan� kitlerinin sonu�lar�n� etkiler. Dolay�s�yla de�i�ik b�lgelerdeki hastalardan al�nan vir�s d�zenli aral�klarla taranmal� ve PCR testleri de belirlenen bu mutasyonlara g�re yeniden d�zenlenmeli. Kovid-19'da iki tan� arac� var. Biri antijen-antikor tan� kitleri, di�eri de genetik tabanl� tan� kitleri, yani PCR testleri. Bizim tespitlerimizde, N geninde mutasyon bulduk. E�er tan� kiti bu, N geni �zerinden �al���yorsa, T�rkiye'de do�ru sonu� alamazs�n�z demek olur" dedi.

"YANLI� PCR SONUCU SALGINLA M�CADELEY� TOPTAN ETK�LEYEB�L�R"

PCR testlerinin yanl�� sonu� verebilmesinin, t�m d�nyada tart���lan bir konu oldu�una de�inen Prof. Dr. Pen�e �unlar� vurgulad�: "Bak�yorsunuz hasta �n tan� olarak Kovid pozitif, hastanede tedavi g�r�yor ancak PCR testi negatif ��k�yor. �in, �ngiltere, �talya, Almanya, ABD, d�nyan�n her yerinden pek�ok makale var bununla ilgili. Nedenleri hala tart���l�yor. Nedenler aras�nda d�rt etken konu�uluyor; uygun s�r�nt� al�nm�yor, s�r�nt� uygun �ekilde ta��nm�yor, RNA izolasyonu uygun yap�lm�yor veya bu testler emin ellerde �al���lm�yor. Biz bu �al��mam�z ile bunlara be�incisini ekliyoruz ve diyoruz ki PCR tan� kitleri vir�steki bu mutasyonlara g�re d�zenli olarak revize edilmezse, pozitif bir hastan�n sonucu negatif ��kabilir. Bunun i�in de birka� ayda bir, d�zenli bir �ekilde vir�s�n genetik diziliminin yap�lmas� laz�m. Hatta �lkemizin �e�itli b�lgelerinden, �rne�in �stanbul'dan, Erzurum'dan, Gaziantep'ten, Koronavir�s genleri dizilenip oradan ��kacak mutasyonlar dikkate al�narak PCR kitleri dizayn edilmeli."

"D614G MUTASYONU T�RK�YE'DEK� V�R�S� DAHA �L�MC�L YAPMADI"

�al��man�n bir di�er a�amas�n�n da hastal���n neden herkeste farkl� etki g�sterdi�inin tespit edilmesi oldu�unun alt�n� �izen Prof. Dr. Sadrettin Pen�e, s�zlerini ��yle tamamlad�: "Koronavir�s ni�in bir k�s�m insanda semptom olu�turuyor, bir k�s�m insan� ent�be ettiriyor, bir k�s�m insan� yo�un bak�mda yat�r�yor, bir k�s�m insanda da hi� semptom olu�turmuyor? Bunun cevab�n� aramak istiyoruz. Yine bu g�nlerde d�nya g�ndeminde de tart���lan konulardan biri de D614g mutasyonu. Amerika ve Avrupa'da bu mutasyonun g�r�ld��� �lkelerde hastal���n daha �l�mc�l seyretti�i y�n�nde tart��malar var. Ancak bu da tam olarak do�ruyu yans�tm�yor ��nk� say�sal biyoloji kullan�larak yap�lan bir modelleme �al��mas�n�n sonucu bu. Bu genetik dizilim yeni ortaya ��km�� de�il. �lk makale 26 Ocak'ta yay�nland�. Daha sonra da bir�ok �al��mada bu mutasyon g�r�ld�. Ama bu son tart��malar, yeni bir makalede bu mutasyonun, vir�s�n virulans�nda (hastal�k �iddeti) artmaya neden oldu�unu s�yl�yorlar. Oysa biz de ayn� dizilimi tespit ettik. �zledi�imiz 4 hastan�n vir�s�nde de bu mutasyonlar mevcuttu. Ama hastal�k yapma �iddetinde herhangi bir de�i�iklik olmad���n� g�rd�k. Mutasyon tek ba��na bir �ey ifade etmez, bir mutasyonun fonksiyonel analizi �nemlidir. Bu da klinikteki sonu�lar�n� tespit etmek anlam�na gelir. Biz �nce fonksiyonel modelleme yap�yoruz daha sonra klinik sonu�lar�yla bunu kar��la�t�r�yoruz. Bizim kar��la�t�rmam�zda b�yle bir etki yok."

22.6.2020 - 46146